Η υπόθεση αυτή, εκκινεί από τη δεκαετία του 1990 (1992 – 1995), όταν η εταιρεία και ο Δημήτριος Μελισσανίδης, κατηγορήθηκαν από το Ζ’ τελωνείο ότι διέθεσαν με τη μέθοδο των εικονικών εφοδιασμών επαγγελματικών – τουριστικών και αλιευτικών σκαφών πετρέλαιο κίνησης. Για την υπόθεση αυτή, κατασχέθηκαν επίσημα κα ανεπίσημα βιβλία και στοιχεία της εταιρείας από την ΥΠΕΔΑ. Η εταιρεία τέθηκε υπό εκκαθάριση το έτος 1995. Όμως, μόλις το έτος 2005 η αρμόδια Δ.Ο.Υ. εξέδωσε πράξεις επιβολής προστίμων !!!

Μετά από την εξαιρετική αργοπορία που επέδειξε το ελληνικό δημόσιο, μικρό μέρος της οφειλής παραγράφηκε, όπως έκρινε το Διοικητικό Πρωτοδικείο και για το μέρος αυτό της οφειλής, ο Δ. Μελισσανίδης και ο Ι. Καρράς απαλλάχθηκαν. Καταδικάσθηκαν για το μεγαλύτερο μέρος των χρεών.

Η υπόθεση της «ΠΕΤΡΕΛΑΙΑ ΑΙΓΑΙΟΥ ΑΕ» και του Δ. Μελισσανίδη είχε ξανααπασχολήσει τα ποινικά και διοικητικά δικαστήρια στο παρελθόν σχετικά με την κατηγορία της λαθρεμπορίας.